La diferencia entre ambos géneros radica en la estructura floral. En Opuntia las flores son más abiertas y los estambres más cortos que los pétalos, mientras que en Nopalea, las flores son más estrechas y cerradas y los estambres notablemente sobresalientes, al igual que el estilo.

En cuanto a las diferentes especies del género Nopalea, dejo aquí la clave tomada de Helia Bravo, Las Cactáceas de México.

